El mundo está dominado por la compañía eléctrica Shinra, una siniestra corporación que controla la energía mako, la fuerza vital del planeta. En la enorme ciudad de Midgar, una organización contraria a Shinra llamada Avalancha intensifica su resistencia. Cloud Strife, un antiguo miembro de la unidad de élite Soldado convertido en mercenario, presta su ayuda al grupo sin saber las épicas consecuencias que esto acarreará.

La historia de este primer juego independiente del proyecto FINAL FANTASY VII REMAKE llega hasta el momento en que el grupo escapa de Midgar y profundiza más en los sucesos acontecidos allí que el FINAL FANTASY VII original.

El mako, la energía vital del planeta, se está agotando poco a poco.

En la ciudad de Midgar, ocho reactores absorben el mako para suministrar energía a los habitantes. La Compañía de Electricidad y Energía Shinra controla dicho suministro y, a través de este monopolio, el mundo. A esta megacorporación se opone el grupo Avalancha, dispuesto a hacer lo que sea por proteger el planeta.

Cloud, un exmiembro del grupo militar Soldado, presta a Avalancha sus servicios como mercenario para asegurar el éxito de su misión de destrucción del reactor de mako n.º 1.

Tras concluir la misión, Cloud y sus nuevos socios huyen al sector 8, donde descubren que la explosión ha causado más daños de lo que imaginaban. En un callejón en llamas, Cloud ve el fantasma de un enemigo al que creía muerto.

La sombra de ese pasado que querría olvidar le lleva a encontrarse con una florista muy particular.

Ella le entrega una flor amarilla que, según el lenguaje de las flores, simboliza el reencuentro. Su conversación se ve interrumpida por unos misteriosos seres espectrales que se ciernen sobre ellos: los Ecos del planeta.

Una vez más, se ponen en marcha los engranajes del destino.